wirusy, PCR, RT-PCR, izolacja

Odpowiedz  Forum BioTechnolog.pl » Laboratorium
Autor Wiadomość
Advancer
Posty: 121
Wysłany: 05.11.2006, 19:00:52
Witam,
z koleżanką mamy zamiar zająć się izolacją wirusów występujących w żywności, tak oto wyglada z grubsza metodyka + garść problemów na które się natknęliśmy:
1.I etap izolacji - pojawia sie tu polimer o nazwie Cat-Floc T, niestety niby powinien istniec w ofercie firmy Calgon Corp., ale coś go tam znaleźć nie mogę - czy ktoś z Państwa uzywal moze Cat-Floc'a w swoich pracach i moglby mi wskazac dystrybutora lub producenta. Poki co czekam na odpowiedz firmy Calgon
2.II etap izolacji - za pomocą kita (niezgrabne spolszczenie) do izolacji wirusów z żywności - jestem ciekaw czy znajdzie sie tu ktos kto uzywal dobrego, taniego kita, ktory moze polecic
3.Reakcja RT-PCR z uzyciem zestawu "RevertAid.." . Oczywiście oparta o losowe heksamery. Po etapie RT dodam polimerazy (czy cos jesczze musze dodawac zeby ruszyl wlasciwy PCR?) i licze ze uzyskam probowke pelna kopii interesujacego mnie RNA wirusowego i wszelkich innych nieinteresujacych mnie produktow (oczywiscie w pstaci cDNA)
4.Reakcja PCR z uzyciem specyficznych primerów na 1 mikrolitrze matrycy uzyskanym w wyniku RT-PCR - dzieki czemu jedna probke z RT bede mogl sprawdzic na obecnosc wielu wirusow (zaoszczedze na kicie do RT, ktory jest drogi)

Bardzo prosze o opinie

ZX
Posty: 145
Wysłany: 06.12.2006, 00:29:27
Hmmm
Typowy przykład polskiego studenta biotech tzn. "teoria" i nic więcej
To ja mam garść pytań
-Jaki wirus
-izolacja czy idetyfikacja
-itd bo mi się nie chce pisać
albo napisze
mi by wystarczyła dobra wirówka , HPLC i jeżeli jest jakiś gotowy test ELISA do tych waszych magicznych wirusów w żarciu

Advancer
Posty: 121
Wysłany: 06.12.2006, 19:32:54
juz nie studenta..
- wirusy: norowirus, rotawirus, astrowirus, adenowirus, sapowirus
- jedno i drugie
- nie sposob napisac wszystkiego

"mi by wystarczyła dobra wirówka , HPLC i jeżeli jest jakiś gotowy test ELISA do tych waszych magicznych wirusów w żarciu"
gratuluje - jesli izolacje RNA mozna zrobic wirowka opatentuj to - zarobisz

HPLC?! Kanapki tez robisz z pomocą HPLC? No bez przesady, nie spotkalem sie jeszcze z oznaczaniem wirusow za pomocą HPLC, a moze gazówką, jaki detektor, moze skorzystam.. Razz

Elisa? Jeśli koncenracja wirusa jest znikoma z pewnością nie wyjdzie, wysoka koncentracja tych wirusów spotykana jest jedynie w kale, i tutaj przewidywane są testy ELISA, poza tym jedynie RT-PCR

ZX
Posty: 145
Wysłany: 07.12.2006, 12:28:05
Ręce opadają
Jestem idiotą że w tej Polsce jeszcze roboty szukam.
Po jaką cholere się tyle lat żyłowałem się, jak tylu "światłych" ludzi mamy w Polsce.
Kiedyś pewien mądry człowiek powiedział mi takie proste zdanie "można użyć cyklotron do przekopania działki ... ale po co ?"

<koncenracja> = stężenie, chyba miano wirusów (TCID, LD lub ID)
Dużo, dużo by pisać.

Podstawowe RT-PCR (wybraliście dwu etapowy - powodzenia) pomijając przygotowanie materiału, dobieranie warunków, startery itd. to ok. 3,5 tys. zl. (minimum, przy odrobinie szczęścia)
Wyjdzie wam tylko jakościówka-nic więcej.
<z koleżanką mamy zamiar zająć się izolacją wirusów występujących w żywności>
zdecydujcie się co w końcu czy interesuje was jakiś marker obecności wirusów (RNA, białka, itd) czy kompletne "wirusy"
<HPLC?! Kanapki tez robisz z pomocą HPLC? No bez przesady, nie spotkalem sie jeszcze z oznaczaniem wirusow za pomocą HPLC> to ty chyba z takim materiałem nie pracowałeś
ImmunoAffinity HPLC- to i tak narzędzie z wysokiej półki

Przepraszam szlak mnie trafia - idę się napić herbaty
Jestem dostępny po mailem kicu(at)poczta.pf.pl
Herbat nie pomaga,
Jeszcze jeden darmozjad z uczelni, a zaczynam się pakować i wypiepszam z Polski

ZX
Posty: 145
Wysłany: 07.12.2006, 15:36:13
<gratuluje - jesli izolacje RNA mozna zrobic wirowka opatentuj to - zarobisz>
Jeżeli pozwolisz to zdanie wytatuuje sobie na mojej marnej piersi.
Niestety spóźniłem się jakieś 19 lat z patentem, wyprzedził mnie niejaki Pan Piotr Chomczyński

Very Happy

Advancer
Posty: 121
Wysłany: 10.12.2006, 16:41:36
owszem, wiedzy mozna pozazdroscic, ale dobrego wychowania juz nie
jestem na pierwszym roku studiow doktoranckich zatem trudno zebym blyszczal kompletna wiedzą, tym bardziej, ze jestem w nowym "miejscu" i w nowych zagadnieniach
Ty oczywiscie wiesz wszystko, tylko Ty masz racje, przepraszam mistrzu ze zapytalem, nie smiem wiecej tego robic

Mam pare rad dla Ciebie:
- patrz czasem pod nogi, bo jeszcze nie wszystkie chodniki są z kostki i a nóż zarysujesz swe światłe czoło
- wyjeżdżaj, bo my wszyscy tutaj nie zasługujemy zeby Cie ogladac

nie wypowiadaj sie juz, nie jestem godzien zeby to czytac

kolejny znachor z kompleksami

ZX
Posty: 145
Wysłany: 10.12.2006, 18:01:56
Ja tej pyskówki nie zaczynałem zacytuje Twoje słowa:
<HPLC?! Kanapki tez robisz z pomocą HPLC? No bez przesady,.....moze gazówką, jaki detektor, moze skorzystam>
Prosze bez tyrad które są głupie
Starałem się pomóc ale cóż wyszło jak widać.
To co opisałeś "kupy" się nie trzyma, nie ma prawa wyjść i pieniądze będą wyrzucone w błoto
W przypadku opisanych przez ciebie wirusów (większości) są już gotowe testy np. lateksowe.
Testy te może zrobić personel pomocniczy w przychodni.
Nie twierdze że jestem ekspertem, ale jeżeli z tego zrobisz doktorat... no cóżSmile.
Sens maja szybkie i tanie testy.

ZX
Posty: 145
Wysłany: 10.12.2006, 18:12:16
Jeżeli chodzi o PCR
pierwszy art z brzegu
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=12696109&dopt=Abstract
Nie wiem czy masz dostęp do Real-Time PCR.

Tak mam kompleksy, bo jak tak dalej będzie i stara kadra naukowa odejdzie na emeryture.
To kto będzie kształtował osobowość nowych studentów.
aha
Nie warto też ślepo wierzyć w metodykę w publikacjach
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=10919776
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1265969

Advancer
Posty: 121
Wysłany: 02.02.2007, 22:16:14
ok, nie chce sie klocic
Ty masz racje, ja mam racje
Chodzi tylko o to, że zamiast zająć sie dyskusją na temat kwestii, które poruszyłem, zająłeś się mną..nikt nie lubi jak sie po nim jeździ.
Sprawa z wirusami zaczyna nabierac rumieńców, reszta jest tajemnicą Very Happy
pozdrawiam

Strona 1 z 1