Artykuły • GMO • Słownik • Praca • Studia • Forum
Aktualności: • Organizmy transgeniczne, GMO • Klonowanie • Komórki macierzyste • Nowotwory, rak • Wirusologia, HIV, AIDS • Genetyka • Medycyna i fizjologia • Aktualności biotechnologiczne • Biobiznes

Agentcell - komputerowa symulacja bakterii

Marta Pieszko | 2005-06-06

Naukowcy z Uniwersytetu w Chicago oraz Narodowego Laboratorium w Argonne stworzyli komputerową symulację, która pozwoli im na studiowanie związków pomiędzy biochemicznymi fluktuacjami zachodzącymi w pojedynczej komórce a jej zachowaniem w stosunku do innych komórek i oraz w stosunku do otoczenia.

Symulacja o nazwie Agentcell, będzie miała zastosowanie w badaniach nad nowotworami, w rozwoju badań nad lekami oraz w walce z bioterroryzmem. Inne dotychczasowe symulacje systemów biologicznych są ograniczone do poziomu molekularnego, do poziomu komórki lub populacji bakteryjnej. Agentcell może jednocześnie symulować działania na wszystkich trzech poziomach, czego nie potrafią inne programy.

"Agentcell możemy stworzyć symulację zachowań całej populacji komórek w danym środowisku, reagującej na bodźce oraz poruszającej się w trójwymiarowym swiecie." - powiedział Thierry Emonet, jeden z naukowców Uniwersytetu w Chicago. Agentcell umożliwi naukowcom szybkie eksperymenty, co pozwoli im na późniejsze zaoszczędzenie czasu w laboratorium.

Każda komórka w Agentcell to wirtualna komórka Escherichia coli, bakterii, która jest wyposażona we wszystkie wirtualne składniki niezbędne do szukania pożywienia. Zawiera ona swój własny system chemotaktyczny, który przewodzi sygnały biochemiczne odpowiedzialne za lokomocje komórkową.Komórki Zaopatrzone są również we flagelle, które umożliwią im poruszanie się.Dzięki Agentcell Emonet odkrył pewien typ białek, który kontroluje wrażliwość systemu chemotaktycznego E. coli. Pomaga on bakterii znaleźć jedzenie. Kiedy zmienia się poziom tego białka, zmienia się wrażliwość komórki. Późniejsze badania laboratoryjne przyniosły ten sam efekt i dały te same wnioski.

Obecnie to bardzo prosty model - mówi Emonet. Zawiera tylko to co niezbędne czyli system zmysłowy. Pozostałe składniki, które np. będą stymulować podział komórki, będzie można dodać w każdej chwili później. Z Agentcell można się zapoznać na stronie http://www.agentcell.org, Program jest również dostępny dla innych naukowców. Jego autorzy mają nadzieję, że ktoś ulepszy kod i doda parę nowych możliwości.

Źródło: EurekAlert!