Genomika porównawcza

nazywana też "nową genomiką" - dział genomiki, którego celem jest lepsze poznanie genomów i zrozumienie biologii organizmów.

Rozwój genomiki porównawczej nastąpił w ciągu ostatnich kilku lat, kiedy całkowicie zsekwencjonowano genomy organizmów: bakterii, grzybów i in. a także zakończono sekwencjonowanie ludzkiego genomu.
Dzięki genomice porównawczej możliwe jest przewidywanie funkcji białek,a także rekonstrukcja szlaków metabolicznych u różnych organizmów.
Badania w genomice porównawczej prowadzi się przy użyciu narzędzi bioinformatycznych. Wykorzystuje się przy tym bazy danych poszczególnych mikroorganizmów oraz takie aplikacje jak PEDANT, czy GenQuiz.