Miniaturowy sekwencer DNA
Filip Gołębiowski | 2006-05-29
Zbudowano najmniejszy sekwenator DNA. Urządzenie, które potrafi sekwencjonować DNA w oparciu o chemiczną metodę Sangera, ma średnicę zaledwie 100 mm.
Dwójka uczonych z uniwersytetu w Berkeley, profesor chemii Richard Mathies, Robert Blazej, student i inżynier Palani Kumaresan, stworzyli najmniejsze na świecie urządzenie do sekwencjonowania DNA metodą Sangera.
Sekwencer, który ma średnicę 10 cm wymaga tylko jednego femtomola DNA i niewielką ilość odczynników chemicznych, wymaganych do prowadzenia reakcji. Posiada on termocykler, element do oczyszczania próbki oraz aparat do elektroforezy w kapilarach wraz z detektorem – wszystkie trzy elementy, potrzebne do przeprowadzenia sekwencjonowania DNA, są zintegrowane na małej, kolistej płytce.
Wykonana przez nich praca trafiła na okładkę czasopisma Proceedings of the National Academy of Science (PNAS) z 9 Maja. Opisany tam sekwenator wykorzystuje sieć mikroskopijnych pomp, zaworów, grzałek i kanałów elektroforetycznych. Wiele z tych urządzeń było oryginalnie zbudowanych dla sondy wysłanej na Marsa, w urządzeniu mającym wykryć życie. Naukowcy zaadoptowali tę technologię do sekwencjonowania metodą Sangera, która jest najpopularniejszym sposobem "czytania" DNA.
Nowe urządzenie jest pierwszym, które potrafi wykonać wszystkie reakcje podczas sekwencjonowania metodą Sangera, włączając w to kopiowanie fragmentów DNA w termocyklerze, oczyszczanie ich i dodawanie znaczników fluorescencyjnych. Co więcej, dokładność jest prawie taka sama jak przy użyciu konwencjonalnego sekwencera DNA, aparatu o wielkości lodówki. Odkrycie ma możliwość obniżyć znacznie koszty sekwencjonowania genomu – z 22 milionów dolarów do zaledwie 50 000. Jeśli to by się udało, można by szybciej (ponieważ taniej) otrzymać sekwencje genomów wielu gatunków, oraz genomu większej ilości ludzi, dzięki czemu dowiemy się na ile genetycznie różnimy się jeden od drugiego!
Źródło:
UCSF & UCB join Graduate Group in Bioengineering web page, news
http://bioeng.berkeley.edu/content/view/307/277/
Oryginalny artykuł:
Microfabricated bioprocessor for integrated nanoliter-scale Sanger DNA sequencing.
Robert G. Blazej, Palani Kumaresan, and Richard A. Mathies
PNAS, May 9 2006, vol. 103, no. 19, 7240-7245
Zdjęcie pochodzi z oryginalnej publikacji.
Komentarze
adi | 2006-05-29 00:00:00
pewnego pięknego dnia usłyszymy, że sekwencer DNA będzie wielkości DNA :/...
Elo | 2006-05-30 00:00:00
i będzie łączył się w drogą radiową z interentem, przesyłając informacje nt. kolejności nukleotydów do GenBanku, a my tylko będziemu mysieli odebrać emaila ze wszelakimi gotowymi już analizami :)
także, naukowiec idąc sobie do pracy, będzie mógł nakroplić na listek badanej roślinki odrobinę 'roztworu' sekwencjera, a jak dojdzie to wyniki będą gotowe :)
end | 2006-06-02 00:00:00
i wszyscy będą szczęśliwi......... :)
zojatoja | 2008-03-27 17:44:20
czyli sekwencer czy sekwenator?